Фамилия Мархобудинова — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Её основа, имя Мархобудин, с высокой вероятностью указывает на регион проживания предка — Дагестан или, шире, Северный Кавказ.

Разбираем словообразование. Суффикс -ов- и окончание -а — классическая русская патронимическая модель, означающая «дочь Мархобудина». Сама мужская форма Мархобудин — это русифицированная запись аварского или кумыкского имени. В тюркских и кавказских языках распространены имена с компонентом «будин» (от арабского «будан» — «приказ, повеление» или от персидского «будан» — «быть, существовать»). Первая часть «Мархо» скорее всего восходит к аварскому слову «марх» — «солнце» или к чеченскому «марха» — «облако». Таким образом, имя Мархобудин можно перевести как «солнечное повеление» или «облачное бытие» — поэтичная метафора, типичная для восточной антропонимии.

Вторая, менее вероятная, но не отбрасываемая версия — связь с тюркским корнем «мархум» (покойный, умерший). Тогда Мархобудин могло бы означать «слуга покойного» — имя-оберег, которое давали, чтобы обмануть злых духов. Однако для Дагестана такая модель нехарактерна, и первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия могла возникнуть в конце XIX — начале XX века, когда в горских обществах начали массово фиксировать фамилии по отцу (патрониму) с русским окончанием. Носители фамилии — потомки человека по имени Мархобудин, который, судя по структуре, был уважаемым членом общины, возможно, старшиной или духовным лицом. Встретить Мархобудиновых сегодня проще всего в Дагестане, Чечне и среди диаспор в крупных городах России. Других версий, например, славянского или финно-угорского корня, для этой фамилии не существует — её восточное происхождение бесспорно.