Фамилия Маркинаа с двойной «а» на конце — явление крайне редкое и, скорее всего, результат искажения при записи или опечатки. В русской ономастике нет устойчивой модели образования фамилий с таким окончанием. Подавляющее большинство русских фамилий заканчивается на -ов/-ев, -ин, -ский/-цкий, -их/-ых или -ич. Двойное «а» может возникнуть при слиянии фамилии с именем или отчеством в документах, либо при попытке передать нерусское звучание на письме.

Наиболее вероятная основа — мужское имя Марк (от латинского Marcus, предположительно «посвящённый Марсу» или «молоток»). От него образована стандартная русская фамилия Маркин (чей? — сын Марка) с помощью патронимического суффикса -ин. Если мы видим написание Маркинаа, логичнее всего предположить, что перед нами двойная ошибка: сначала фамилию Маркина (женская форма) записали с буквой «а» на конце, а затем, при переписи или паспортизации, кто-то решил, что это не окончание, а часть корня, и удвоил её.

Другая, менее вероятная версия — фамилия могла возникнуть в среде, где смешивались русские и тюркские или финно-угорские традиции именования. В некоторых языках, например в марийском или удмуртском, двойные гласные встречаются чаще, но фамилии с основой Марк- для этих регионов нехарактерны. Скорее всего, носитель фамилии Маркинаа — потомок человека, чью фамилию Маркин или Маркина исказили при оформлении документов в XX веке, когда неграмотность или невнимательность писаря могли закрепить ошибочное написание. Это делает фамилию не столько отражением профессии или прозвища предка, сколько памятником канцелярской случайности.