Фамилия Маркоцинский — редкий пример, где за основу взято не имя и не профессия, а прозвище, связанное с эмоциональным состоянием. В её основе лежит белорусское слово «маркоціцца» — грустить, печалиться. От него образовали прозвище Маркоца: так могли назвать человека задумчивого, склонного к меланхолии, либо, наоборот, того, кто часто ходил с печальным лицом.

Прозвище Маркоца — не единственный возможный источник. В некоторых говорах то же слово могло означать «томиться», «тосковать», и тогда именование указывало на человека, который тоскует по дому или по кому-то. В любом случае, корень прозрачен и не требует натянутых версий — в отличие от многих фамилий на -ский, где этимология спорна.

Суффикс -инский (через форму Маркоцин) указывает на территориальную или родовую модель образования: фамилии на -ский в восточнославянской традиции часто получали те, кто происходил из определённой местности или от конкретного человека. Здесь — от Маркоцы с добавлением -ин- (указание на принадлежность) и топонимического суффикса -ский. Получается: «тот, кто из рода Маркоцы» или «сын Маркоцы».

Фамилия могла закрепиться и как прозвищная в среде белорусского крестьянства или мелкой шляхты — обе эти группы активно использовали модель на -ский. В пользу белорусского происхождения говорит и сам глагол «маркоціцца»: в русских говорах он почти не встречается, зато в белорусских — обычен.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и встречается редко. Это объясняется и узкой географией корня, и тем, что прозвище Маркоца, в отличие от имён, не было популярным — его давали скорее по случаю, чем по традиции. Поэтому носители Маркоцинских, скорее всего, восходят к одному или нескольким родам, а не к разным семьям, независимо друг от друга получившим одинаковую фамилию.