Фамилия Марковщенков — редкий пример трёхступенчатой русской модели образования, где каждая прибавка суффикса превращала имя в прозвище, а прозвище — в фамилию. В основе лежит каноническое имя Марк (от латинского Marcus, предположительно «посвящённый богу Марсу»). От него пошла уменьшительная форма Марковща — так в некоторых южнорусских и белорусских говорах могли называть сына или младшего родственника Марка. Суффикс -щ- здесь необычен: он встречается в единичных диалектных вариантах вроде Иванища, Петрища и указывает на «большого» или «старшего» по отношению к имени, но в сочетании с -ов- (Марков + ща) скорее фиксирует фамильное прозвание. Затем к этой основе добавился патронимический суффикс -енк(ов), характерный для восточноукраинских и южнорусских земель: Марковщенко значило «потомок Марковщи», а окончание -ов превратило его в великорусскую фамилию.

Географически фамилия тяготеет к Брянской, Смоленской и соседним областям России, а также к востоку Украины — там, где пересекались ареалы украинского суффикса -енко и русского -ов. В переписях XIX века Марковщенковы чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами, то есть не были ни дворянами, ни крепостными. Однодворцы, в частности, составляли особое сословие на южных рубежах России, и их фамилии нередко сохраняли архаичные словообразовательные цепочки.

Отдельно стоит сказать о варианте написания: в старых документах можно встретить формы Марковщинков или Марковщенков с одной «н» — это результат живой устной передачи, когда суффикс -енк- произносился как -инк- в безударной позиции. Современное правописание закрепилось благодаря единообразию паспортной системы, но в метрических книгах XIX века встречаются оба варианта.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, насколько редка такая тройная суффиксация. Марков — самая частая, Марковский — типичная для духовенства и шляхты, Марковенко — украинская форма. Марковщенков же стоит особняком: она не попала в массовые списки, не стала «княжеской» или «купеческой», но зато сохранила память о конкретном прозвище, которое когда-то носил один человек — Марковща.