Фамилия Маркьянова образована от мужского имени Маркьян. Это, в свою очередь, народная форма церковного имени Маркиан (от латинского Marcianus — «принадлежащий Марку», «Марков»). В русской традиции такие имена часто упрощались: «Маркиан» превращалось в более привычное для слуха «Маркьян». Собственно, перед нами классическая модель русской фамилии: основа (полное или уменьшительное имя отца) плюс суффикс притяжательности -ов/-ев. Суффикс -а (Маркьянова) — это окончание женского рода, но носительницей фамилии женщина стала лишь в последние века; изначально форма была мужской: «Маркьянов» — «сын Маркьяна».

Интересно, что фамилия Маркьянов (и её женская форма) напрямую связана с более распространённой фамилией Марков, но не является её прямым вариантом. Марков происходит напрямую от канонического имени Марк, а Маркьянов — от его производной, то есть от «внука» или «младшего» по имени. В ономастике это называют «патронимом второго порядка»: сначала был Марк, его сына назвали Маркиан (или Маркьян), а уж внук пошёл как Маркьянов. Такие «цепочки» встречаются нечасто и указывают на то, что имя Маркьян в крестьянской среде было вполне ходовым, а не книжным.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с таким именем в Вологодском, Костромском и Архангельском уездах. Это объясняется тем, что имя Маркьян было особенно популярно на Русском Севере, где дольше сохранялась архаичная система имён. Со временем фамилия «вышла» за пределы региона, но её корни — именно в северной традиции имянаречения.

В написании фамилии возможна путаница с вариантом Маркиянова (через «и»). Однако форма с «ь» (Маркьянова) — более старая и отражает реальное произношение в говорах, где «и» перед ударным «я» смягчалось и переходило в «й». Если вы встретили оба варианта, то «Маркьянова» — это именно русская народная огласовка, а «Маркиянова» — либо украинизированная, либо результат поздней «поправки» по церковнославянскому образцу.