Фамилия Марнушова — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. Если отбросить суффикс -ов-, указывающий на принадлежность (чей? — Марнушов), остаётся корень «Марнуш». В русской ономастике фамилии с таким окончанием встречаются нечасто, и чаще всего они приходят из других языков.

Наиболее вероятная версия — связь с крестильным именем Марк. В разговорной речи и диалектах имя Марк могло приобретать уменьшительные формы с суффиксом -уш: Маркуш, Марнуш. Переход «к» в «н» — явление нерегулярное, но возможное при упрощении произношения, особенно в южнорусских или белорусских говорах. Тогда Марнуш — это вариант имени Марк, а Марнушов — «сын Марнуша». Подобная модель (с заменой согласного) встречается, например, в фамилиях Маркин и Марнухин, хотя последняя ещё реже.

Менее убедительная, но заслуживающая упоминания гипотеза — прозвище от глагола «марнуть» (ударить, стукнуть) или диалектного «марнуться» (обмануться). В этом случае Марнуш — человек, который либо сам наносил удары, либо часто ошибался. Однако ударение в фамилии (скорее всего, на второй слог — Марну́шова) больше тяготеет к именной основе, чем к глагольной.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где были распространены формы типа «Марнус», «Марнуха». В дореволюционных переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном и позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке у крестьян или мещан, не имевших наследственной фамилии ранее.

Таким образом, Марнушова — скорее всего, матроним или патроним от редкой формы имени Марк. Точное происхождение может прояснить только семейная история: если в роду были Марки, это подтверждает первую версию; если же сохранились предания о прозвище, вторая становится более весомой.