Фамилия Маршонкова — женская форма фамилии Маршонков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Основа «Маршон» или «Маршонок» не является распространённой, что делает эту фамилию редкой и интересной для разбора.

Скорее всего, в основе лежит имя Марк или его уменьшительная форма. В русской традиции имя Марк давалось достаточно часто, а от него образовывали множество домашних вариантов: Марша, Маршко, Маршоня. Суффикс -онк- (в форме Маршонок) типичен для украинской, белорусской и южнорусской ономастики. Он означает «маленький» или «сын»: Маршонок — буквально «маленький Марш» или «сын Марша». Фамилии на -ов (Маршонков) закрепились, когда к основе на -ок добавили стандартный русский патронимический суффикс, обозначающий принадлежность. Таким образом, Маршонков — это «сын Маршонка», внук или потомок человека по прозвищу Маршонок.

Версия с иноязычным корнем менее вероятна, но возможна. В западных регионах (Польша, Беларусь) фамилия могла возникнуть от слова «marsz» (марш, поход) или от глагола «marszczyć» (морщить, хмуриться). Однако для русской фамилии Маршонкова такая этимология натянута: прозвище «Марш» в значении «военный поход» нехарактерно для крестьянской среды, где фамилии закрепились в массе. Куда правдоподобнее, что перед нами просто фонетическое изменение имени Марк через стадию «Маршко» — «Маршонок».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае — регионах, где смешивались русские и украинские говоры. Суффикс -к- в женской форме (Маршонкова) тоже выдает южнорусскую или украинскую традицию: на севере России чаще использовали бы форму Маршонова.

Если искать аналоги, то фамилия строится по той же модели, что и Марченков (от Марко), или Данильченков. Редкость корня объясняется тем, что форма «Маршон» оказалась менее популярной, чем «Марченко» или «Марков». Носительница фамилии Маршонкова может с высокой вероятностью считать своими предками не дворян, а крестьян или казаков из черноземной полосы — именно там такие фамилии на -онков фиксировались в переписных книгах XIX века.