Фамилия Марштупенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», в XVI–XVII веках массово закрепился в украинской ономастике, вытеснив более древние патронимы. Таким образом, Марштупенко — это буквально «сын Марштупа». Вопрос упирается в то, что скрывается за этим прозвищем.

Самая вероятная версия связывает основу «Марштуп» с немецкой фамилией Marschthub или Marschthup, что в переводе означает «болотный холм» (Marsch — болото, Hub — участок земли, возвышенность). Такое прозвище могли дать переселенцу из немецких земель, жившему у болотистой возвышенности, или человеку, владевшему таким участком. В пользу этой гипотезы говорит активное присутствие немецких колонистов на юге Украины в XVIII–XIX веках, особенно в Запорожской, Херсонской и Екатеринославской губерниях. Фамилия Марштупенко могла возникнуть в среде украинизированных потомков таких колонистов.

Менее убедительна версия о связи с идишским «марштуп» (искажённое «маршалк» — управляющий, эконом). Хотя еврейские фамилии с суффиксом -енко встречаются, основа «марштуп» в таком значении не зафиксирована в доступных ономастических словарях как самостоятельное прозвище. Вероятно, это поздняя народная этимология, возникшая из-за созвучия с немецким словом.

Географически фамилия Марштупенко почти не встречается за пределами Украины. В современных базах данных она привязана к центральным и южным областям — Черкасской, Кировоградской и, реже, Днепропетровской. Это косвенно подтверждает версию о немецком корне: именно в этих землях находились колонии меннонитов и лютеран, чьи фамилии нередко адаптировались к украинскому словообразованию.

С социальной точки зрения, носители фамилии Марштупенко, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. Суффикс -енко в украинской традиции указывает на патроним, а не на дворянское происхождение. Дворянские фамилии чаще образовывались с помощью суффиксов -ский/-цкий. Поэтому предок Марштупенко был либо свободным казаком, либо государственным крестьянином, получившим прозвище от места жительства или занятий предка-колониста.