Фамилия Марухленко строится по распространённой на востоке Украины модели: основа прозвища плюс суффикс -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». То есть Марухленко — буквально «сын Марухли». Само прозвище Марухля — слово тёмное, и у этимологов нет единого мнения о его корнях.

Самая прямая версия ведёт Марухлю к глаголу «марать» — пачкать, грязнить. В таком случае прозвище могло закрепиться за неряшливым, неаккуратным человеком. Однако есть и другой вариант, который меняет социальный портрет предка. В среде торговцев словом «маруха» называли гривну — денежную единицу. Если прозвище связано с этим значением, то Марухлей могли прозвать купца, менялу или просто состоятельного человека.

Вероятен и третий путь, который обычно упускают из виду. Марухля могла быть уменьшительной формой от крестильного имени Марк или Маркел (через промежуточные формы Марко, Марушко). В этом случае в основе фамилии лежит не прозвище по характеру или роду занятий, а простонародная, бытовая форма церковного имени. Такое переосмысление имени в прозвище — обычное дело для фамилий на -енко.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Сумской и Полтавской областям — зоне активного бытования украинской модели на -енко. В России она встречается реже и чаще всего фиксируется у потомков переселенцев с Левобережной Украины.

Из-за неоднозначности корня нельзя с уверенностью сказать, кем был первый носитель фамилии — неряхой, торговцем или просто Марком. Но суффикс -енко не оставляет сомнений в том, что фамилия сформировалась в украинской среде не позднее XVII–XVIII веков, когда такие формы окончательно вытеснили отчества.