Фамилия Марукли — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянской, а в греческой языковой среде. В основе фамилии лежит греческое личное имя Марука — уменьшительная форма от имени Мария, широко распространённая среди греков Причерноморья и Малой Азии. Суффикс -ли указывает на принадлежность или происхождение: в греческой модели фамилий он часто передаёт значение «сын такого-то» или «выходец из семьи». Таким образом, Марукли — это «потомок Маруки» или «из дома Маруки».

Носители фамилии Марукли — это, как правило, потомки греков, переселившихся на территорию Российской империи в XVIII–XIX веках. Основные волны переселения шли из Крыма и с побережья Чёрного моря (из Анатолии и Понта) после русско-турецких войн. Греки-переселенцы оседали в Новороссии, в Приазовье (Мариуполь, Таганрог) и в Крыму. Поэтому географически фамилия Марукли привязана к южным регионам России и Украины, а также к греческим общинам Грузии и Краснодарского края.

Словообразовательная модель здесь не славянская, а греческая, что сразу отличает фамилию от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский. В русском языке фамилия сохранила исходное греческое окончание, не обрусев до Марукина, — это говорит о компактном проживании носителей и сохранении национальной идентичности. Если бы фамилия адаптировалась по русскому образцу, она звучала бы как Марукин, но этого не произошло.

Иногда фамилию ошибочно связывают с тюркскими корнями, усматривая в ней сходство с турецким marul («салат-латук») или арабским maraqli («болезненный»). Эти версии слабы: ни одна из них не объясняет устойчивое окончание -ли в значении родства, которое типично именно для греческих фамилий (ср. Пантели, Хаджили, Карали). К тому же прозвище по «салату» маловероятно как основа для фамилии в греческой среде.

Социальный статус первых носителей Марукли был разным: среди греческих переселенцев встречались и торговцы, и ремесленники, и крестьяне. Фамилия не указывает на дворянское происхождение — это скорее фамилия городского или сельского простонародья, что подтверждается отсутствием в родословных книгах. Сегодня Марукли — редкая фамилия, её можно встретить в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Греции среди потомков репатриантов.