Фамилия Марушенков образована по классической русской модели от прозвища или имени Маруша. Суффикс -енков указывает на принадлежность: «сын Маруши» или «потомок Маруши». Такая форма типична для южнорусских и украинских земель, где распространён суффикс -енко (Марушенко), а на севере и в центральной России его переоформляли в -енков. То есть предок носителя фамилии — человек, которого звали Маруша.

Само имя Маруша — уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Мария. В русском быту имя Мария имело множество производных: Маша, Маруся, Марья, Маруша. Последняя форма особенно характерна для южных и западных регионов — в украинском и белорусском просторечии Маруша встречалась как самостоятельное имя или прозвище. Не исключено, что в основе лежит и мирское прозвище Маруша, данное мужчине: в старину мужчин могли называть женскими именами в шутку или для оберега (чтобы «нечистая сила» не позарилась на ребёнка). Однако более вероятно, что фамилия пошла от женщины — Маруши, матери или бабушки, чей сын стал Марушенковым. В крестьянской среде, где фамилии нередко закреплялись по матери (так называемые матронимы), это было обычным делом, если отец умер рано или был неизвестен.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также среди казачества. В архивных записях XIX века Марушенковы фигурируют как крестьяне и однодворцы. Сословной исключительности у фамилии нет — она народная, без дворянских корней. Написание устойчивое, без вариантов: Марушенков, с ударением на второй слог (Мару́шенков) или на третий (Марушенко́в), в зависимости от местного говора.

Таким образом, Марушенков — фамилия, прямо говорящая о родстве с женщиной по имени Маруша. Никакой тайны или редкого корня в ней нет, но за ней стоит живая бытовая история: как в русской деревне человека называли не по отцу, а по матери, и это имя закрепилось на века.