Фамилия Машагатова — редкая и структурно необычная для русского ономастикона. Её основа — «машагат» — не является ни славянским корнем, ни распространённым тюркским именем. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, образованная от прозвища или географического названия с помощью сложного суффиксального комплекса.

Ключ к разгадке — суффикс «-ат» (или «-ат-ов»). В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) аффикс «-ат» часто встречается в названиях племён, родов или местностей, а также в арабизмах, обозначающих множественность. Сама основа «машага» может восходить к тюркскому «маш» (чечевица, мелкое зерно) или к арабскому «машага» (затруднение, сложность). В таком случае «Машагат» — прозвище человека, имевшего отношение к посеву или торговле чечевицей, либо, в переносном смысле, «того, кто преодолевает трудности». Фамилия могла закрепиться в форме «Машагатов» у мужчин, а женский вариант «Машагатова» — результат русского склонения.

Написание с буквой «а» на конце основы (Машагат-ов) указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской среде, где тюркские имена и прозвища часто записывали на слух, с характерным окончанием на согласный. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области, где такие модели фамилий (основа на согласный + русский патронимический суффикс) типичны для татарских и башкирских родов.

В отличие от фамилий на «-ов» от русских имён (Иванов, Петров), Машагатова не имеет христианской подоплёки. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были мусульманами и получили фамилию не по имени отца, а по прозвищу или родовому наименованию. Примечательно, что в дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла писаться как «Машагатов» или «Машагатдин» (с арабским компонентом «дин» — вера), что подтверждает её восточные корни.