Фамилия Машкутова — женская форма фамилии Машкутов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа здесь — «Машкут», что почти наверняка является вариантом арабского имени Машхур (Mashhur) или его диалектной формой. Имя Машхур означает «известный», «знаменитый», «прославленный». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, звук «х» часто переходил в «к» или выпадал, а «у» могло редуцироваться, поэтому Машхур → Машкур → Машкут — вполне закономерная цепочка. Таким образом, в основе фамилии лежит личное имя с положительной характеристикой: предка могли назвать в честь известного человека или с пожеланием славы.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на типичную русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. Это значит, что носители фамилии, скорее всего, происходят из среды, где в XIX–XX веках активно шёл процесс русификации тюркских и мусульманских имён, — например, среди татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья. Фамилия Машкутова распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях, что подтверждает эту региональную привязку.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа «Машкут» восходит к тюркскому слову «маш» (в значении «мелкий», «дробный») или к русскому диалектному «машкать» — «медлить, мешкать». Но ни одна из этих гипотез не имеет убедительных параллелей в ономастике, тогда как имя Машхур — хорошо задокументированный источник фамилий (ср. Машхуров, Машкуров). Так что основная версия остаётся предпочтительной.

Социальный статус первых носителей фамилии мог быть разным: от крестьян до купцов и духовенства, поскольку имя Машхур встречалось в разных слоях мусульманского населения. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам у фамилии Машкутова нет — это обычная фамилия, возникшая из личного прозвища или имени, которая со временем закрепилась в документах.