Фамилию Маткенова проще всего разобрать, отталкиваясь от её окончания. Суффикс -ова указывает на женскую форму. Мужской вариант — Маткенов. Эта пара образована по стандартной русской модели отчества или фамилии на -ов/-ев, которая закрепилась за нерусскими основами в XVIII–XIX веках.

Основа фамилии — Маткен. Скорее всего, это не славянское имя, а тюркское или арабо-тюркское. Самая вероятная версия: «Маткен» — это сложное имя, где первая часть — арабское мат (от «мату» — дар, подарок, или от «матлу» — желанный, просимый), а вторая — тюркское кен (широкий, просторный; или же суффикс, создающий имя). В сумме имя могло означать «желанный простор» или «дар небес», что характерно для тюркских имён-пожеланий.

Менее правдоподобна, но возможна версия от прозвища. В некоторых тюркских диалектах «маткен» могло быть искажением слова «маткын» (крепкий, коренастый) или «матка» (мать) с суффиксом обладания. Но для фамилии «матка» как основа встречается редко и обычно связана с женскими именами, что для мужской фамилии маловероятно.

Географически фамилия Маткенова тяготеет к регионам, где смешивались тюркские и славянские фамильные модели: Казахстан, Башкортостан, Татарстан, а также Оренбургская и Астраханская области России. Носители фамилии — потомки людей, получивших фамилию по отцу, которого звали Маткен. Это имя сегодня почти не встречается, что делает фамилию ценным свидетельством исчезнувшей антропонимической традиции.

Словообразовательно фамилия проста: тюркское личное имя + русский патронимический суффикс. Никаких редких суффиксов вроде -их/-ых или -ский тут нет, что говорит о позднем оформлении фамилии (вероятно, вторая половина XIX века), когда русская администрация массово «оканчивала» инородческие имена на -ов и -ев.