Фамилия Матонкина образована от прозвища Матонка, в основе которого лежит украинское слово «матонька», то есть «мать». Вполне вероятно, что родоначальником Матонкиных была женщина, которую дети ласково называли Матонка. У славян мать всегда ассоциировалась с Богоматерью – матерью Иисуса Христа, одной из наиболее почитаемых фигур, в особенности в католицизме и православии. Она считается покровительницей рожениц, что обусловливается мотивом материнства. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Матонка, со временем получил фамилию Матонкина.