Фамилия Матоусов — один из тех случаев, когда на слух кажется, что корень «иностранный», а на деле всё упирается в простое русское имя. Основная версия происхождения — от канонического мужского имени Матфей, точнее, от его народной, разговорной формы Матоус. В русских говорах имя Матфей (через греческое Маттафий) превращалось в Матвей, а в некоторых диалектах — в Матоус. От этой формы с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов и возникла фамилия: Матоусов — сын Матоуса.

Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, на прямое отчество. Это самая массовая модель русских фамилий, и здесь она работает без сбоя. Фамилия довольно редкая, и её география, скорее всего, связана с южнорусскими или западнорусскими областями, где были сильны диалектные черты и где имя «Матвей» могли произносить как «Матоус». В пользу этого говорит и то, что в украинском и белорусском языках формы типа «Матус», «Матос» встречаются гораздо чаще, чем в северных русских говорах.

Менее вероятная, но существующая гипотеза — связь с литовским или балтским корнем. В литовском языке есть слово «matusas» (неповоротливый, медлительный человек). Если носитель фамилии происходит из западных регионов, например, из бывших литовских земель (Смоленщина, Псковщина, Белоруссия), теоретически фамилия могла возникнуть от прозвища Матоус, данного медлительному человеку. Однако эта версия слабее: во-первых, прозвище на -ус в русской среде встречается редко, а во-вторых, имя Матвей было настолько распространено, что объяснение от имени проще и логичнее.

Однокоренные фамилии — Матвеев, Матусов, Матосов, Матусевич. Матоусов стоит в этом ряду как диалектный вариант, который сохранил исходное звучание имени без перехода в привычное «Матвей». Никаких сведений о дворянстве или особом сословном статусе этой фамилии нет: её носили крестьяне, мещане, ремесленники, у которых в документах записали отчество в той форме, в какой его произносили в семье.