Фамилия Матрученко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей — с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился как указание на сына или потомка человека. В буквальном смысле Матрученко значит «сын Матрука» или «потомок Матрука». Но кто такой Матрук? Это производная форма от канонического крестильного имени Матвей (в церковнославянском варианте — Матфей), которое пришло из древнееврейского и означает «дар Яхве» или «дарованный Богом».

Уменьшительно-ласкательные и обиходные формы имени Матвей на юго-западе Руси дали целое гнездо фамилий: Матюха, Матюшенко, Матвиенко, Матруха, Матруненко, Матрученко. Суффикс -ук/-юк и -енко здесь чередуются в зависимости от местной традиции словообразования. Матрученко — вариант с суффиксом -енко, типичный для центральных и восточных областей Украины, особенно для Полтавщины, Черкащины и Слобожанщины, где такие фамилии массово фиксировались в реестрах казацкой старшины и крестьянских переписях XVIII века.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали в великорусских землях, Матрученко — яркий маркер украинской антропонимической традиции. Если предок носителя фамилии был записан в ревизских сказках или метриках как «Матрученко», это почти наверняка указывает на его происхождение из малороссийских губерний Российской империи. Сословно носители фамилии могли быть как казаками (часто реестровыми), так и государственными крестьянами; дворянское происхождение для этой фамилии маловероятно, поскольку патронимические фамилии на -енко редко закреплялись за шляхтой.

Интересно, что основа «Матрук» встречается и как самостоятельная фамилия, и как прозвище. В говорах слово «матрук» могло иметь ироничный оттенок — так дразнили человека, похожего на Матвея, но нередко это была просто бытовая форма без дополнительной окраски. Таким образом, фамилия Матрученко не содержит в себе ни ремесла, ни географического названия — она чисто патронимическая, и её главная ценность для потомка в том, что она прямо называет имя родоначальника: человека по имени Матвей, которого в быту звали Матруком.