Фамилия Мацукиди — один из примеров того, как греческое по происхождению слово прижилось в русской фамильной системе, сохранив при этом характерный суффикс, не свойственный славянским языкам. Корень здесь — «мацук», который в греческом языке (μάτσουκα) означает «дубина, палица» или, в переносном смысле, «неуклюжий, тяжелый человек». Окончание «-иди» — типичный греческий патронимический суффикс (как и более распространённое «-опулос» или «-акис»), буквально означающий «сын». Таким образом, Мацукиди — «сын Мацука», то есть потомок человека, которого прозвали Дубиной или Тяжеловесом. Прозвище могло относиться к физической силе, медлительности или упрямству.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически селились греки в Российской империи: Причерноморье, Крым, Приазовье, а также южные города (Одесса, Мариуполь, Таганрог). Встречается и на Кавказе, куда греки переселялись из Османской империи. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, Мацукиди не прошла через русификацию окончания — её оставили в исходной греческой форме, что указывает на относительно позднее вхождение в русскую среду (в основном XIX — начало XX века) или на компактное проживание носителей в греческих общинах.

Модель образования проста: основа (прозвище Мацук) + суффикс принадлежности (-иди). Интересно, что в самой Греции фамилия могла звучать как Мацукидис (с сигматическим окончанием), но в русском языке конечный «с» отпал, что типично для адаптации греческих фамилий (сравните: Пападакис — Пападаки, Димитриадис — Димитриади). Вариант Мацукиди — усечённая форма, закрепившаяся в документах.

Сословно носители фамилии не образовывали единой группы: среди греческих переселенцев были и торговцы, и ремесленники, и крестьяне. Прозвище «дубина» в крестьянской среде было скорее нейтральным описанием силы, чем оскорблением. В отличие от многих фамилий, где трудно восстановить точное значение, здесь семантика прозрачна, хотя и неблагозвучна для современного уха. Споров о происхождении практически нет: греческие корни и суффикс бесспорны. Редкость фамилии в России (по сравнению с массовыми греческими фамилиями вроде Иванов или Петров) объясняется тем, что она не принадлежит к числу самых распространённых греческих патронимов, а её основа не была столь популярна, как, скажем, Папа (поп) или Христос.