Фамилия Мацутенко — яркий пример украинской модели фамилий с суффиксом -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс стал главным маркером фамилий на территории Гетманщины, Слобожанщины и Запорожья. Первоначально он указывал на «малого» или «сына»: Мацутенко — буквально «маленький Мацута» или «сын Мацуты». Такие фамилии закрепились за казаками, крестьянами и мещанами, а позже, в ходе переписей, стали наследственными.

Основа фамилии — Мацута. Это имя или прозвище, скорее всего, восходящее к личному имени Матвей (в народных формах Матюта, Мацута). В украинской ономастике часты случаи, когда полное имя сокращалось и обрастало суффиксом -ута/-юта: Мацута — уменьшительно-ласкательный вариант от Матвей, как Хома — от Фома, или Петрута — от Пётр. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «мацати» (щупать, трогать) — такое прозвище могли дать человеку с беспокойным характером или, например, мастеру, который проверял качество ткани на ощупь. Однако первая версия (от Матвей) встречается в ономастических словарях как типовая для украинских фамилий на -ута.

Географически фамилия Мацутенко привязана к центральным и восточным областям Украины: Черкасская, Полтавская, Киевская области. В России она встречается редко, в основном среди потомков переселенцев с Украины времён Столыпинской аграрной реформы или эвакуации XX века. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Мацу́тенко, хотя в некоторых говорах могут произносить с ударением на «е».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то видна цепочка: Матвей → Мацута → Мацутенко, а рядом — Мацак, Мацюк, Маценко (с тем же корнем, но другим суффиксом). Такое разнообразие форм как раз характерно для украинской антропонимии: одно и то же имя давало десятки производных, закреплявшихся за разными родами.