Фамилия Матыуин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — Матыу — не встречается в привычных списках русских имён или прозвищ, а окончание -ин указывает на классическую русскую модель образования: «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Матыу. Но что скрывается за этим корнем?

Самая вероятная версия — фамилия образована от варианта крестильного имени Матвей. В народной речи, особенно на северо-западе и в некоторых говорах, имя Матвей могло звучать как Матюй, Матюха, а форма Матыу — это искажённое или диалектное произношение, записанное на слух. Суффикс -ин в таком случае означает «принадлежащий Матыу» — то есть сын или потомок Матвея. Подтверждением служит то, что фамилии с основой на -уй встречаются в старых писцовых книгах: например, Матюй, Матюнин, Матюхин — все они восходят к тому же имени.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем от глагола «матылять» (в некоторых говорах — «качать, мотать» или «делать нечто неловко»). Однако для фамилии Матыуин такая основа малоправдоподобна: суффикс -ин требует, чтобы исходное слово оканчивалось на -а или согласный, а «матыу» не подходит под эту модель. Прозвище скорее дало бы форму Матыулин, но такого варианта в источниках не зафиксировано.

Географически фамилия Матыуин тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектное произношение имён отличалось большей свободой. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках единичные носители встречаются в Вологодской и Костромской губерниях. Это говорит о том, что фамилия не была массовой и, скорее всего, возникла в одной или нескольких соседних деревнях как локальный вариант фамилии Матвеев или Матюхин.

Написание фамилии — Матыуин, а не Матыуин — также может сбивать с толку. В старых документах нередко путали буквы «ы» и «и», а окончание -уин иногда записывали как -уин без твёрдого знака. Поэтому при поиске предков стоит учитывать варианты Матыуин, Матюин и даже Матюхин — все они могут вести к одному корню. Фамилия не имеет отношения к финно-угорским или тюркским языкам, как может показаться на первый взгляд: её славянское происхождение надёжно подтверждается словообразованием.