Фамилия Мавркова — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а греческое слово, пришедшее через церковную книжность. Корень «мавр» восходит к греческому mauros (μαῦρος) — «чёрный», «тёмный». В византийской традиции так называли людей с очень смуглой кожей, а позднее, в средневековой Европе, — мавров, то есть жителей Северной Африки. В русском языке это слово закрепилось прежде всего как прозвище: Мавр — человек с чёрными волосами или смуглым лицом, реже — тот, кто побывал в южных землях или имел экзотическую внешность.

Сама фамилия образована по продуктивной модели: прозвище Мавр + суффикс -ков (вариант -ов после твёрдого согласного). Суффикс -к- в основе («Маврк») указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму имени или прозвища: Маврко. То есть Мавркова — это буквально «дочь (или жена) Маврка», а изначально — «принадлежащая роду Маврка». Такое удвоение суффикса (корень + -к- + -ов) типично для фамилий, возникших от кратких народных форм: ср. Петр — Петруха — Петрухин, Мавр — Мавруша — Маврушин, и здесь — Маврко — Маврков.

Интересно, что фамилия Мавркова не имеет отношения к фамилии Мавров, которая встречается чаще. Мавров могла произойти прямо от прозвища Мавр без промежуточной формы, а Мавркова — именно от «Маврко». Это говорит о том, что предок носителя фамилии был в быту известен под ласкательным или пренебрежительным прозвищем Маврко, что характерно для крестьянской или мещанской среды, где полные имена использовали реже.

В исторических документах фамилия Мавркова встречается крайне редко, преимущественно в южнорусских и украинских землях, где влияние греческой и тюркской культур было сильнее. Сословной привязки нет: фамилию могли носить и крестьяне, и однодворцы. Единственное, что можно утверждать с уверенностью: предок выделялся среди окружающих тёмным цветом волос или кожи, и это отличие закрепилось в родовом имени.