Фамилия Майфуна — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от тысяч фамилий на -ов и -ин, образованных от крестильных имён, эта фамилия явно прозвищная, и её корни уходят в южнорусские или украинские говоры.

Основа фамилии — «майфуна». Скорее всего, это переосмысленное слово «майфун» или «майфуна», которое в диалектах означало «обезьяна» (от немецкого Meerkatze или польского majpa через украинское посередничество). В южных областях Российской империи, особенно на территориях современной Украины и Кубани, так могли прозвать человека за внешность, подвижность или кривляние. Прозвище «Майфуна» могло быть дано либо в насмешку, либо как «охранительное» имя: считалось, что если назвать ребёнка некрасивым словом, злые духи не позарятся на него.

Модель образования фамилии — без суффикса. Фамилия Майфуна — это застывшая форма прозвища в именительном падеже. Такие бессуффиксные фамилии характерны для украинской и польской ономастики (сравните: Хмара, Голота, Скоробогатько). В русской традиции их обычно адаптировали, добавляя -ов/-ев, но здесь этого не произошло, что указывает на украинское или белорусское происхождение рода.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «май» означает «жир», «масло», а «фуна» могло быть искажённым личным именем или суффиксом. Однако эта гипотеза слабая: сочетание звуков нехарактерно для тюркских фамилий, и нет убедительных параллелей.

Географически фамилия Майфуна встречается в основном в южных регионах России и на востоке Украины. Это подтверждает версию о диалектном прозвище: именно в этих местах слово «майфуна» бытовало в речи.

Таким образом, перед нами типичное прозвище, ставшее фамилией без изменений. Предок носителя фамилии получил её за внешнее сходство с обезьяной или за живой, непоседливый нрав.