Фамилия Мажниковы — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается основа, уводящая в южные и западные говоры. Фамилия образована от личного прозвища Мажник по стандартной патронимической модели: прозвище плюс суффикс -ов, означающий «сын Мажника» или «потомок Мажника».

Самая убедительная версия связывает прозвище с украинским словом «мажа» — это чумацкая телега, четырёхколёсное средство передвижения с конной или воловьей тягой. Чумаки в старину занимались извозом, возили соль и рыбу, и «мажа» была их основным рабочим инструментом. Поэтому Мажником могли прозвать человека, который ходил в чумаках, то есть профессионального извозчика. Фамилия, таким образом, относится к «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий основателя рода.

Есть и другая версия, хотя и менее надёжная. В белорусском языке есть глагол «мажнець» — богатеть. Если прозвище пошло от него, то Мажником называли зажиточного, состоятельного человека. Эта гипотеза слабее, потому что глагольная основа в прозвищах встречается реже, чем предметная, но полностью исключать её нельзя: в народной среде могли подметить и материальный достаток.

Иногда встречается попытка связать фамилию с прилагательным «маленький» или «малый» — мол, Мажник это низкорослый человек. Такая версия лингвистически несостоятельна: в слове «мажник» нет фонетических следов корня «мал-», и переход «л» в «ж» в русских и украинских говорах ничем не подтверждён. От неё стоит отказаться.

Фамилия Мажниковы — редкий случай, когда основа отсылает не к центральнорусскому, а к южнорусскому и украинскому быту. Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из регионов, где было развито чумачество: современные Украина, юг России, Дон, Кубань. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий, и письменных свидетельств о конкретном Мажнике до XVII–XVIII века не сохранилось.