Фамилия Мажонц — редкий случай, когда армянское родовое имя, скорее всего, ведет свою историю не с Кавказа, а из Прибалтики. Слово «Мажонц» (в армянской традиции «азганун», то есть имя клана) указывает на принадлежность к определенному роду. И все нынешние носители этой фамилии в Армении, вероятно, потомки одного человека.

Основателем рода мог стать литовец по фамилии Мажонс. Сама литовская фамилия восходит к прозвищу Мажон, в основе которого лежит слово mažas — «малый», «маленький». Так в Литве могли прозвать невысокого человека хрупкого телосложения. В пользу этой версии говорит и биография известного носителя — ученого Манвела Людвиговича Мажонца. Его отчество Людвигович намекает на немецкие или литовские корни отца.

Армянский фамильный формант -онц (встречается также в формах -янц, -енц) исторически означал «из семьи таких-то» или «из рода таких-то». Таким образом, армянская фамилия Мажонц дословно переводится как «из рода Мажона» — то есть из рода того самого «маленького» литовца, который когда-то переселился в Армению и дал начало новому клану.