Фамилия Мбутука — редкий для России случай, когда фамилия не претерпела почти никакой адаптации и сохранила исходное звучание языка-источника. В русском языке она выглядит как несклоняемое существительное, и это сразу указывает на её недавнее происхождение: она не могла возникнуть в крестьянской среде несколько веков назад, когда все фамилии оформлялись суффиксами -ов/-ев, -ин или -ский. Скорее всего, её принесли в русскоязычную среду миграционные волны второй половины XX — начала XXI века.

Вероятнее всего, фамилия Мбутука имеет африканские корни. Наиболее логичная версия ведёт к языкам банту, распространённым в Центральной и Южной Африке. В этих языках приставка «м-» или «му-» часто означает принадлежность к человеку или народу. Основа «бутука» может восходить к одному из этнонимов или географических названий. Например, в Демократической Республике Конго и Анголе известен народ мбунду (мбундука), а также существует топоним Бутука — город в Уганде. Таким образом, Мбутука могло означать «человек из Бутуки» или «принадлежащий к народу бутука».

Другая, менее вероятная версия — что фамилия имеет индийское происхождение. В некоторых языках Индии, особенно на юге, встречаются похожие звуковые комплексы, но там «мбутука» не имеет устойчивого лексического значения. Африканская гипотеза выглядит убедительнее, так как в Африке фамилии такого типа — массовое явление, а не единичный случай.

О социальном статусе первых носителей фамилии Мбутука в России говорить трудно. Скорее всего, это потомки студентов, получивших образование в советских вузах, или людей, приехавших по рабочим контрактам. В русскоязычной среде фамилия не склоняется (Мбутука, с Мбутука, к Мбутука), и это может создавать бытовые неудобства, но одновременно делает её легко узнаваемой и непохожей на другие.