Фамилия Мегдятова — редкая и с точки зрения привычных русских фамильных моделей стоит особняком. Она образована не от славянского прозвища или имени, а от мусульманского, скорее всего тюркского или иранского корня. Основа фамилии — мужское имя Мегдят (варианты: Магдят, Мэгдят). В нём угадывается арабское «магди» или «махди» — «ведомый истинным путём», «спаситель». В исламской традиции Махди — последний преемник пророка Мухаммеда, который восстановит справедливость. Имя это было распространено у народов, исповедующих ислам: татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Суффикс -ов (в женском варианте -ова) — типично русский патронимический формант. Он указывает на то, что фамилию давали по отцу: Мегдятов — сын Мегдята. Такая модель закрепилась в XIX–XX веках в среде крещёных татар, а также у народов, вошедших в состав Российской империи, когда их стали записывать по русскому образцу. То есть фамилия Мегдятова — результат межкультурного контакта: арабо-тюркское имя обработано русским суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью, особенно к Татарстану и Башкортостану, а также к северокавказским республикам. Встречается она редко, поэтому её носители, скорее всего, потомки выходцев из одной или нескольких близких местностей. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и духовными лицами — муллами или учителями при мечети, поскольку имя Махди несёт религиозный оттенок. Но точных сведений о сословной принадлежности по редкой фамилии нет.

Интересная деталь: в документах XIX века фамилию могли записывать по-разному — Мегдятов, Магдятов, Мягдятов. Разнобой в первой гласной — следствие того, что звук [э] после мягкого согласного в татарском языке на слух воспринимался русскими писарями то как «е», то как «я». Так что варианты написания — не ошибка, а живая история произношения.