Фамилия Мегобайт — редкий случай в русской ономастике, когда прозвище или мирское имя было образовано от профессионального или бытового термина, связанного с грамотой и письмом. В её основе лежит слово «мегобайт» — так в некоторых русских говорах называли грамотея, писаря или человека, умеющего складно говорить. Происхождение этого слова не до конца прозрачно: скорее всего, это искажённое «мегобайт» от греческого «мегас» (большой) и «байт» (говорить) — то есть «великий говорун». Впрочем, есть версия, что корень — диалектный «меготать» (бормотать, читать вслух), и «мегобайт» тогда означало «чтец» или «заика», что тоже могло стать прозвищем.

Модель образования фамилии — типичная для русских фамилий на -ов: основа «Мегобайт» + суффикс -ов. Такие фамилии чаще всего означали «сын Мегобайта» или «принадлежащий Мегобайту». В отличие от фамилий на -ин или -ский, эта модель характерна для центральных и северных регионов России, где прозвища часто закреплялись без изменений. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась не раньше XV–XVI веков, когда патронимическая система стала вытеснять древнерусские отчества.

Географически фамилия Мегобайт встречается крайне редко, в основном в архивных записях по Вологодской и Архангельской губерниям. Это подтверждает связь с северными говорами, где слово «мегобайт» бытовало вплоть до XIX века. Сословно носители фамилии, скорее всего, были из крестьян или посадских людей — писарями и грамотеями при волостных правлениях, реже — дьячками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном происхождении.

Спорных версий немного. Иногда пытаются связать Мегобайт с тюркскими корнями, но это маловероятно: ни в одном тюркском языке нет близкого по звучанию слова с подходящим значением. Если бы фамилия была заимствованной, она бы сохранила иной суффикс или окончание. Так что наиболее правдоподобное объяснение — русское диалектное прозвище, данное за особенность речи или род занятий.