Фамилия Мекинулова — редкая и непростая для разбора. Её окончание -ова ясно указывает на то, что перед нами женская форма, а мужская, от которой она образована, — Мекинулов. Сама же мужская основа заставляет задуматься: типичных русских суффиксов -ов-, -ин- или -ск- в ней нет, что говорит о нерусском, скорее всего, тюркском происхождении.

Скорее всего, в основе фамилии лежит тюркское личное имя или прозвище. Можно предположить, что корень «Мекинул» восходит к сложносоставному имени, где вторая часть «-кул» (или «-гул») означает «раб Божий», «слуга» (от арабского «гулам» через тюркские языки). Первая часть «Мек-» или «Мекен-» может быть искажённым «Мухаммед» (Магомет) или другим именем. Таким образом, имя Мекинул могло значить «слуга (такого-то)» — распространённая модель в мусульманских именах (ср. Гулям, Наурызбай).

Регионально фамилия могла закрепиться в среде татар, башкир, казахов или народов Кавказа, которые позже перешли на русскую модель фамилий с суффиксами -ов/-ев. Встречаются похожие фамилии — Мекинов, Мекинян, что подтверждает наличие общего корня «Мек-». Единичные носители фамилии Мекинулова в современных базах данных чаще всего фиксируются в Оренбургской области, Башкортостане и в среде поволжских татар.

Исторически предки носителя этой фамилии могли быть крестьянами или казаками, принявшими фамилию по имени отца (Мекинул) после отмены крепостного права или при переписях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, восходят к одному или нескольким родственным кланам в определённом регионе.