Фамилия Мэрен — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но происхождение при этом неочевидно. Скорее всего, перед нами фамилия не русского, а финно-угорского или прибалтийского корня, попавшая в русский обиход через письменную фиксацию.

Ключ к разгадке — в суффиксе. В русских фамилиях почти никогда не бывает окончания -ен без притяжательного суффикса (-ин, -ов, -ев). А вот в финском, карельском, эстонском или вепсском языках -nen — один из самых распространённых фамильных суффиксов, означающий «принадлежность» или «происхождение» (как русское -ский/-ской). Например, финские фамилии Мякинен (от mäki — «холм»), Виртанен (от virta — «течение»). В русской записи конечное -nen часто упрощали до -ен, теряя один «н». Поэтому Мэрен — это, вероятнее всего, русифицированная форма исходной фамилии Мэренен или Мяренен.

Основа «Мэр-» (или «Мяр-») в финно-угорских языках может восходить к слову mäki (холм, гора) или merta (верша — рыболовная снасть). Вторая версия менее вероятна, но не исключена: прозвище по занятию — рыбак, ставящий верши. Первая версия — топонимическая: предок жил на холме или у горы, и его прозвали «холмовым» (Мякинен), а в русской записи фамилия закрепилась как Мэрен.

Встречается фамилия в основном на северо-западе России — в Карелии, Ленинградской области, а также в Прибалтике. В среде русского дворянства или купечества она никогда не фиксировалась: это фамилия крестьянского или мещанского сословия, чаще всего карельского или ингерманландского происхождения. Поскольку исходный язык не славянский, этимология «от имени Мэри» или «от моря» — ошибочные народные толкования, не имеющие под собой исторической основы.