Фамилия Мерлинкина образована от женского имени Мерлинка. Это просторечная, обиходная форма католического имени Мерлина, которое восходит к латинскому слову merula — «чёрный дрозд». В православном именнике такого имени нет, и это важная зацепка: она указывает, что родоначальник Мерлинкиных, скорее всего, происходил из Западной Европы, где имя Мерлина давали девочкам в честь святой Мерлины, почитаемой в католической традиции.

Сама фамилия построена по типичной для русских фамилий модели: к основе Мерлинк- добавляется суффикс -ин, обозначающий принадлежность. Такие фамилии отвечали на вопрос «чей?» и означали «сын (или дочь) Мерлинки», то есть потомок женщины с этим именем. Форма Мерлинкина — это женский вариант фамилии, а мужской, соответственно, Мерлинкин. Суффикс -к- в основе имени придаёт ему уменьшительно-ласкательный оттенок, что характерно для просторечных форм имён в русской среде.

Любопытно, что фамилия сохранила память о необычном для православной традиции имени. Это говорит о том, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из Польши, Прибалтики или других регионов, где католичество было распространено, а затем обрусели и приняли православие. Впрочем, нельзя исключать и обратный путь: имя могло попасть в русскую среду через смешанные браки, которые заключались между купцами, ремесленниками или служилыми людьми.

Процесс формирования фамилий на Руси был долгим и растянулся на несколько столетий. Окончательно фамилия закрепилась за потомками, когда имя Мерлинка перестало употребляться как самостоятельное и осталось только в фамильном прозвании. Поэтому точно сказать, где и когда возник род Мерлинкиных, можно лишь после генеалогических исследований — изучения метрических книг, ревизских сказок и других архивных документов.

Стоит отличать эту фамилию от созвучных Мерлинов и Меркуловых. Если Меркуловы восходят к церковному имени Меркурий, а Мерлины — к прозвищу или имени Мерл, то Мерлинкины выделяются именно редкой основой с суффиксом -к-, что делает фамилию более поздней по времени образования и более локальной по распространению.