Фамилия Мерсоетова — редкая, и её разбор требует осторожности: прямое, лежащее на поверхности объяснение почти наверняка ошибочно. Если отбросить случайное искажение при записи, основа «Мерсоет» не имеет очевидных параллелей в славянских именах или прозвищах. Ни Мерс, ни Соет не встречаются в древнерусских источниках как самостоятельные имена. Это заставляет искать корни в тюркских или, что вероятнее, в адыгских (черкесских) языках, где подобные звуковые комплексы обычны.

Самый правдоподобный след ведёт к адыгскому имени Мэрсэт или Мэрсэту. В адыгской антропонимике часто встречаются имена с компонентом «сэт» (сэт — «дай», «подари»), а первая часть может быть связана с «мэр» — призывной частицей или личным именем. Имя Мэрсэт можно перевести как «Подари мне» или, в более широком смысле, «Дарованный». Фамилия образована по русской модели: к основе Мерсоет добавили суффикс -ов (женский вариант -ова), что типично для русификации нерусских фамилий на Кавказе и в южных регионах. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Мерсоето́ва.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Мерсоетова — дочь или жена Мерсоета. Это типичная «патронимическая» модель, самая распространённая в русском языке, но здесь она наложилась на иноязычную основу. Фамилия могла закрепиться в XIX — начале XX века, когда горские народы активно получали русские фамилии при переселении или поступлении на службу.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, в частности к Кабардино-Балкарии или Карачаево-Черкесии, хотя сегодня носители могут жить в любом регионе России. Сословно предки Мерсоетовых, скорее всего, были узденями (свободными крестьянами) или дворянами в адыгском обществе, но точных данных нет. Фамилия настолько редкая, что в дореволюционных справочниках и словаре Б. Унбегауна она не упоминается — это не ошибка, а показатель её локального бытования.

Версия о происхождении от прозвища «Мерсоет» как «мера сотая» или от названия профессии не выдерживает критики: в русском языке нет слова «соет», а сочетание «мера сота» — искусственная конструкция. Единственная альтернатива, заслуживающая упоминания, — возможная связь с осетинским именем Мерсет (от «мерд» — смерть? — но это маловероятно для фамилии). Поэтому адыгская версия остаётся основной.