Фамилия Месеткина — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Месеткина, то есть дочь или жена человека по прозвищу Месетка. Мужской вариант фамилии — Месеткин. Основа здесь — слово «месетка», которое в современном русском литературном языке не встречается, но могло бытовать в диалектах или как прозвище.

Самая вероятная версия связывает «месетку» с тюркскими корнями. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть слово «мәсет» — «мечеть». Уменьшительная форма «месетка» могла означать «маленькая мечеть» или же служить прозвищем человека, который жил возле мечети, служил при ней или отличался набожностью. Такая модель характерна для регионов Поволжья и Приуралья, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами. Фамилии на -ин от тюркских основ — явление распространённое (сравните: Аминов, Сайфутдинов, но с русским суффиксом).

Менее убедительная версия пытается вывести «месетку» из русского диалектного глагола «месить» (месить тесто, глину). В этом случае прозвище Месетка мог получить пекарь или гончар. Однако суффикс -етк- нехарактерен для образования имён от глаголов в русском языке (обычно были бы формы Месник, Месленник), поэтому эта гипотеза слабая и не подтверждается ономастической литературой.

Географически фамилия Месеткина встречается крайне редко. Основные очаги, по данным современных телефонных справочников и архивных записей, приходятся на Оренбургскую область и Башкортостан. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих краях активно смешивались русские и тюркские традиции имянаречения.

В дореволюционных метрических книгах фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или мещанами, а сама фамилия закрепилась относительно поздно, в XIX веке, при массовом учёте населения. Сословной элиты среди Месеткиных не прослеживается — это фамилия простого люда, возникшая из бытового прозвища, которое дали по месту или роду занятий.