Фамилия Метохир — одна из тех редких русских фамилий, чьё происхождение лежит не в крестьянском прозвище или имени, а в географическом названии, пришедшем из чужой языковой среды. Её основа — слово «Метохия». Так называется историческая область на западе Косова, известная своими православными монастырями и долгой связью с сербской культурой. В русском языке это название закрепилось через церковные и дипломатические контакты, особенно в XIX веке, когда Российская империя активно поддерживала славянские народы на Балканах.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе «Метохи(я)» добавлен суффикс -р, который в русской ономастике встречается редко. Чаще всего он указывал на принадлежность к месту или роду занятий, как в фамилиях Бондырь, Пономарь или Кобзарь. В случае с Метохиром суффикс мог выполнять роль этнонимического показателя — «человек из Метохии». В русской традиции такие фамилии обычно оформлялись через -ский (Метоховский), но вариант с -р — либо след южнославянского влияния, либо результат индивидуального прозвища, которое закрепилось за переселенцем.

Вероятнее всего, носитель этой фамилии — потомок выходца с Балкан, который оказался в России в эпоху массовых миграций сербов, болгар и греков. Это мог быть монах, бежавший от турецкого гнёта, торговец или священник, получивший приход в южнорусских землях. Фамилия почти не встречается в современных базах данных, что говорит о её крайней редкости и узком ареале бытования — возможно, она сохранилась в нескольких семьях на юге России или в среде потомков балканских переселенцев.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Метохир стоит особняком. Есть Метоховы, Метоховские, Метоховцевы — все они образованы от того же топонима, но по стандартной русской модели. Метохир же нарушает шаблон: суффикс -р здесь напоминает скорее украинские или сербские фамилии вроде Гончар, Кобзарь, что указывает на возможное происхождение из южнорусских или малороссийских губерний, где смешение языков давало такие необычные словоформы.