Фамилия Мецходжан — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение ведёт не вглубь славянских говоров, а на Кавказ, в армянскую языковую среду. В основе фамилии лежит армянское личное имя или прозвище, а суффикс «-ян» (в русской передаче часто пишется как «-ан») — один из самых распространённых патронимических формантов в армянских фамилиях. Он означает «принадлежащий к роду такого-то» или «сын такого-то», аналогично русским «-ов» и «-ин». Таким образом, Мецходжан — это буквально «потомок Мецхода».

Корень «Мец» в армянском языке означает «большой», «великий». Вторая часть — «ходж» или «ходжа» — восходит к почётному титулу «ходжа» (от персидского khwāja — «господин», «хозяин», «учитель»). В тюркской и кавказской среде «ходжа» обозначал уважаемого человека, часто купца, богатого землевладельца или духовного наставника. Соединившись, эти части дают составное имя или прозвище Мецходжа — «Великий ходжа», «Большой господин». Так могли назвать либо старшину общины, либо человека, который выделялся среди других «ходжей» своим богатством или влиянием.

Словообразовательная модель здесь не русская, а армянская: основа + патронимический суффикс. В русский язык фамилия попала через процессы русификации армянских фамилий, когда окончание «-ян» в документах нередко упрощалось до «-ан» (как в случае с Мецходжан вместо исходного Мецходжян). Встречаются также варианты написания через «и» — Мицходжан, но они возникают из-за особенностей передачи армянской фонетики на слух.

Географически фамилия Мецходжан привязана к регионам исторических армянских общин — это могут быть как территории современной Армении, так и армянские диаспоры на Северном Кавказе, в Краснодарском крае, Ростовской области и в южных регионах России. В документах XIX — начала XX века, когда армяне массово переселялись в пределы Российской империи, такие фамилии фиксировались в метрических книгах и ревизских сказках.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что модель «Мец + титул» встречается и в других армянских фамилиях: например, Мец-Акопян (от «Великий Акоп»), Мец-Погосян. Но Мецходжан стоит особняком, потому что вторая часть — не личное имя, а социальный маркер. Это значит, что предок носителя фамилии был не просто «сыном Великого», а «сыном Великого господина» — человека, чей статус был закреплён в самом имени.