Фамилия Мейнстер — почти наверняка немецкого или еврейского (ашкеназского) происхождения. В русском языке она выглядит как искусственно перенесённая, не адаптированная типичными славянскими суффиксами (‑ов, ‑ин, ‑ский). Это сразу указывает: её принесли в Россию переселенцы или она сохранилась в неизменном виде у потомков немецких колонистов или еврейских семей, говоривших на идише.

Разбираем основу. «Мейн» (Mein) может восходить к немецкому притяжательному местоимению «мой» или к краткой форме имени Мейнхард (Meinhard — «сильный, как камень»). Второй вариант — от названия реки Майн (Main) на юге Германии, то есть «живущий на Майне». Однако самая распространённая версия связана с профессией: «Мейстер» (Meister) — мастер, ремесленник, глава цеха. Фамилия Мейнстер, скорее всего, является вариантом написания или диалектного произношения фамилии Мейстер (Meister). Буква «н» могла появиться как вставной звук для удобства произношения (эпентеза) или как искажение при записи в документах.

Если это вариант фамилии Мейстер, то предок носителя был не просто ремесленником, а старшим мастером в гильдии — человеком, имевшим право обучать учеников и ставить клеймо на изделия. В средневековых немецких городах это было почётное и влиятельное положение, выше простого подмастерья. В еврейской среде фамилия Майстер/Мейстер также встречается, и там она могла быть присвоена кантору в синагоге или учителю в хедере (меламеду), которого в обиходе тоже называли «мастером» своего дела.

Географически фамилия Мейнстер встречается в рассеянных записях по всей Европе, но чаще всего в Германии, Австрии и среди еврейских общин Восточной Европы. В России и на постсоветском пространстве её носители — потомки немецких колонистов, приглашённых Екатериной II, или еврейских семей, получивших фамилии в XIX веке. В отличие от фамилий на «-зон» или «-ман», Мейнстер не указывает на родство по отцу, а прямо называет занятие или статус человека.