Фамилия Межераунис — редкий пример балтийского наследия в русском именослове. Она явно литовского или латышского происхождения, и её разбор заставляет отойти от привычных славянских моделей. В основе лежит литовское слово «межераунис» (mežeráunis) или его латышский аналог, означающие «лесной ворон». Корень «межа» (miškas, mežs — лес) плюс «раунис» (várna, krauklis — ворон) складываются в прозвище, которое мог получить человек с чёрными как смоль волосами, либо тот, кто жил у леса и отличался зычным голосом или мрачным нравом.

Суффикс -ис — типичное литовское окончание мужских фамилий, указывающее на именительный падеж. В латышском языке похожая модель дала бы окончание -с, но в русской передаче закрепился именно вариант с -ис. Фамилия не прошла через славянскую суффиксацию (-ов, -ин), а сохранила балтийскую форму, что говорит о её относительно позднем попадании в русскую среду — скорее всего, во второй половине XIX века, когда в Российской империи фиксировали фамилии крестьян и мещан западных губерний.

Географически Межераунис привязана к территориям бывшей Ковенской, Виленской или Курляндской губерний — современным Литве и Латвии. В России она встречается спорадически, чаще всего у потомков переселенцев конца XIX — начала XX века. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Межера́унис, хотя в литовском оригинале могло быть на третий.

Сравнение с однокоренными фамилиями, вроде Межерис или Раунис, подтверждает прозрачность корня: «раунис» как «ворон» встречается в литовских и латышских прозвищах не реже, чем «волк» или «медведь». Таким образом, предок носителя фамилии Межераунис — человек, которого в балтийской деревне прозвали лесным вороном за внешность или повадки. Фамилия не дворянская, а народная, крестьянская или мещанская, и её редкость сегодня — прямое следствие локального бытования.