Фамилия Миапае — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. В русском языке нет модели словообразования, которая дала бы такое окончание. Суффиксы -аев, -еев, -ов, -ин — вот типичные русские фамильные окончания. Окончание -ае, да ещё и с ударением на последний слог, указывает на иноязычное происхождение.

Наиболее вероятная версия — фамилия имеет абхазские или адыгские (черкесские) корни. В абхазском языке распространены фамилии, оканчивающиеся на -аа, -иа, -ба, -па. Форма Миапае могла возникнуть при передаче на русский язык абхазской фамилии Миапаа или Миа-ипа. Компонент «-ипа» в абхазском означает «сын» (аналог русского «-ович» или грузинского «-дзе»). Таким образом, основа Миа — это личное имя или родовое прозвище, а вся фамилия буквально переводится как «сын Миа» или «из рода Миа». В адыгских языках похожий суффикс -е может указывать на принадлежность к местности или роду.

Менее вероятна, но не исключена связь с грузинскими фамилиями, оканчивающимися на -иа (например, Миаиашвили, Миакадзе), где основа Миа — также личное имя. В любом случае, носитель фамилии Миапае, скорее всего, имеет предков с Кавказа, из региона Западной Грузии или Абхазии. Географически такие фамилии встречаются у абхазов, проживающих в Турции (куда многие переселились в XIX веке), а также в диаспорах в Сирии и Иордании. В России эта фамилия — большая редкость, и её носители, вероятно, являются потомками кавказских эмигрантов или переселенцев.