Фамилия Мифонин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Если отбросить типичный русский суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — Мифонин, то есть сын или потомок Мифона), остаётся корень Мифон-. Именно он требует разбора, и здесь возможны две версии.

Первая и наиболее вероятная связывает фамилию с греческим именем Мифон (Μύθων). В античной культуре это имя означало «сказитель», «мифотворец» — от слова «мифос» (μῦθος). В Россию такие имена попадали через церковные святцы, хотя Мифон — редкое каноническое имя, встречающееся в православных месяцесловах. Фамилия могла образоваться от крестильного имени Мифон, которое в быту звучало как Мифоня, а затем, через патронимический суффикс, закрепилось за потомками.

Вторая версия — прозвищная. В русских говорах слово «мифон» или «мифонить» не фиксируется в словарях, но в диалектной лексике могло означать человека, который «напускает туман», придумывает небылицы, вводит в заблуждение. Если предок получил прозвище Мифон за склонность к выдумкам или загадочным рассказам, фамилия закрепилась бы по той же модели: Мифон → Мифонин.

Интересно, что фамилия практически не встречается за пределами России и не имеет распространённых однокоренных вариантов (как, например, Мифонов или Мифоничев). Это говорит о локальном происхождении — возможно, в одной из северных или центральных губерний, где имя Мифон было в ходу среди крестьян или духовенства. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я: Мифоня — Мифонин.

По сословной принадлежности носители Мифониных, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия остаётся штучной: её носителей можно пересчитать по пальцам, и большинство из них живёт в центральных областях.