Фамилия Мигненко — типичный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «маленький», «сын» или «потомок», в XV–XVIII веках был самым распространенным способом формирования фамилий на землях современной Украины. Мигненко буквально значит «сын Мигня» или «потомок того, кого звали Мигнем».

Основа фамилии — личное прозвище или неканоническое имя Мигень (в родительном падеже Мигня). Восходит оно к глаголу «мигать» или существительному «миг». Прозвище могли дать человеку с быстрой, порывистой реакцией, тому, кто часто моргал, или же тому, кто был неуловим, «мелькал» перед глазами. В украинском языке есть и слово «мигнути» — сверкнуть, блеснуть, что добавляет оттенок значения: прозвище могло относиться к человеку с живым, подвижным взглядом.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность к определенному роду или вотчине, фамилии на -енко изначально были более «семейными» и личными. Они фиксировали имя или прозвище отца и закреплялись за его детьми. Мигненко, скорее всего, возникла в среде казачества или крестьянства Левобережной Украины, где такие формы были особенно популярны.

Интересно, что фамилия не имеет распространенных параллелей в виде Мигаев или Мигин, что говорит о ее локальном бытовании. Возможно, она связана с определенным селом или хутором, где жил родоначальник по прозвищу Мигень. Встречается она и в варианте Мигненков — это русифицированная форма, появившаяся при переселении носителей фамилии на территории Российской империи.