Фамилия Микехин — редкий случай, когда суффикс -ин прирос не к полному каноническому имени, а к краткой обиходной форме. В основе лежит имя Михаил, которое в народной речи давало множество производных: Михей, Михея, Микеша, Микей, Микша. Форма Микеха — результат дальнейшего сокращения и добавления типичного для русских диалектов суффикса -х(а), который придавал имени оттенок простоты и фамильярности (сравните: Степан — Степаха, Григорий — Гриха). Таким образом, Микеха — это «домашний» Михаил, а Микехин, соответственно, «сын Микехи», то есть потомок человека, которого в быту звали именно так.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Микех- плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилия чисто русская, образована не от прозвища, а от имени, поэтому её носители — потомки крестьян или посадских людей, у которых в документах закрепилось отчество по отцу, а не по церковному имени. В этом смысле Микехин стоит в одном ряду с фамилиями Михеев, Мишин, Микишин, но отличается более редкой и «простонародной» основой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где диалектные формы на -ха были особенно распространены. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвания. Если верить данным переписей, наибольшая концентрация Микехиных фиксируется в Костромской, Вологодской и Кировской областях — это регионы, где сохранялись архаичные говоры и где имя Михаил в быту дробилось на множество вариантов.

Споров о происхождении фамилии практически нет: версия от имени Михаил через форму Микеха — единственная убедительная. Попытки возвести её к греческому «мике» (маленький) или к тюркским корням лишены смысла, так как суффикс -ин однозначно указывает на русскую патронимическую модель, а у тюркских фамилий такой формант не встречается.