Крестильное мужское имя Михаил в переводе с древнееврейского языка означает «благонравный». Это имя считается довольно распространённым на Руси и имеет несколько производных вариантов: Миха, Михалко, Миша, Михал. Последняя из них и легла в основу данной фамилии. Скорее всего, основатель рода Михаленковых был человеком из простого сословия. Со временем, вероятно, род Наприенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ова.