Фамилия Михалёнов — яркий пример того, как русская фамилия может «вырасти» из имени в два шага. В её основе лежит крестильное имя Михаил, что с древнееврейского переводится как «кто как Бог». Однако путь от имени до фамилии здесь не прямой, а с промежуточной ступенькой.

Сначала от полного имени Михаил образовалась уменьшительная форма Михалён (или Михалёна). Такие «полуимена» на -ён (-ена) были распространены в северных и центральных русских говорах и часто обозначали молодого человека или сына. Например, если отца звали Михаил, его сына в быту могли называть Михалён — то есть «маленький Михаил» или «Михайлов сын». Затем, по стандартной модели русских фамилий, к этому прозвищу добавили патронимический суффикс -ов. Так Михалён (сын) стал Михалёновым — буквально «принадлежащий Михалёну».

Это отличает фамилию от более распространённой Михайлов. Последняя образована напрямую от канонической формы имени (Михаил → Михайлов), в то время как Михалёнов — от производной, народной формы. Такая двухступенчатая модель (имя → уменьшительное → фамилия) встречается реже и указывает на то, что предок носителя фамилии был не просто «Михаилом», а скорее всего, молодым членом семьи, которого в окружении выделяли именно этим «детским» прозвищем.

Географически фамилия тяготеет к северу России и Поволжью, где суффикс -ён и формы на -ёнок были особенно типичны. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Михалёнко (украинский вариант) или Михалёнок (белорусский), но русская версия с суффиксом -ов закрепилась именно в великорусских землях. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство — всё зависело от того, в какой среде закрепилось прозвище.

Если сравнивать с однокоренными вариантами, то Михалёнов стоит в одном ряду с Михалкиным, Мишагиным, Мишуткиным — все они образованы от разных уменьшительных форм имени Михаил. Но Михалёнов выделяется тем, что его основа (Михалён) звучит архаичнее и несёт оттенок «сыновства» сильнее, чем, скажем, Мишин. Это фамилия, которая прямо говорит: «Я потомок того самого Михалёна», сохраняя в себе живую разговорную традицию русского именования.