Фамилия Михалишена — это женская форма, а её мужской вариант — Михалишен. В русской традиции фамилии на -а, -я в именительном падеже у женщин закрепились относительно поздно, но в основе лежит всё та же модель: прозвище или отчество, перешедшее в фамилию.

Разбираем корень. Основа «Михалиш-» восходит к имени Михаил, одному из самых распространённых на Руси после крещения. Но здесь не просто «Михайлов» или «Михалин». Суффикс -иш- в данном случае — не уменьшительно-ласкательный, а скорее патронимический, указывающий на происхождение от человека по прозвищу Михалиш. Такая форма могла возникнуть в западнорусских землях, в зоне влияния польского или белорусского языка, где суффикс -иш- (-isz) активно использовался для образования отчеств и фамилий (сравните с польскими фамилиями на -isz: Станишевский, Янишевский). То есть Михалиш — это «Михайлов сын», но не через стандартное русское -ов, а через диалектную или иноязычную модель.

Вторая часть фамилии — суффикс -ен(а). В мужском варианте это было бы -ен (Михалишен), что характерно для украинской и белорусской ономастики. Суффикс -ен указывает на принадлежность: Михалишен — «тот, кто относится к Михалишу», то есть его потомок или работник. В украинском языке такие фамилии на -енко — массовое явление, но форма на -ен без окончания -ко встречается реже, обычно в северных и западных регионах Украины, а также в Беларуси. Таким образом, географически фамилия скорее всего происходит из Черниговской, Гомельской или Волынской областей.

С точки зрения социального контекста, фамилии на -иш-ен обычно не принадлежали дворянству. Это крестьянские или мещанские родовые прозвища, которые фиксировались в ревизских сказках XIX века. Владелец фамилии Михалишена мог быть потомком человека, которого в деревне звали просто Михалиш — то есть «Михайлов внук» или «сын Михайлы». Никакой мистики или редкого ремесла за ней не стоит, но она чётко указывает на регион и способ образования, отличный от стандартной московской модели.