Фамилия Михиденко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели на -енко. Суффикс -енко, буквально означающий «маленький» или «сын», в XV–XVII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине как основной способ обозначения потомка. Так Михиденко — это «сын Михиды».

Основа Михида — это народная, разговорная форма канонического имени Мефодий. В украинской и южнорусской среде греческое имя Methodios, означавшее «методичный» или «следующий порядку», трансформировалось в более привычные для слуха варианты: Мехід, Михід, Михида. Смягчение «ф» в «х» и потеря безударного окончания — типичные черты живой речи. Таким образом, родоначальник фамилии, Михида, был в быту Мефодием, а его сын или потомок получил прозвание Михиденко.

По сословному составу фамилия почти наверняка крестьянская или казацкая. Украинские фамилии на -енко до конца XVIII века редко встречались у шляхты, зато массово фиксировались в реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах сельских приходов. Носители фамилии Михиденко, скорее всего, жили в центральных или восточных областях Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, где эта модель была особенно распространена.

Интересно, что фамилия сохранила редкий для русского слуха переход «ф» в «х» (Мих- вместо Меф-). В российской паспортной системе при миграциях XIX века такую форму могли «исправить» на более привычную — Мефодиенко или даже Мефодьев. Поэтому Михиденко — маркер именно украинской фонетики и, возможно, более раннего, не затронутого бюрократической правкой, варианта фамилии.