Фамилия Микситис — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не исконно славянская, а прибалтийская или, точнее, литовская. Её окончание -ис выдает происхождение с большой вероятностью: в литовском языке это типичный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду (аналог русского -ов/-ев). В Литве и в исторической Литве (включая территории современной Беларуси и Польши) такие фамилии массово закрепились в XIX веке, в ходе официальной паспортизации. Таким образом, Микситис — это «сын Микситы» или «потомок Микситы».

Основа Миксит- — скорее всего, вариант личного имени или прозвища. Можно предположить, что исходная форма — Миксита, которая, в свою очередь, могла восходить к христианскому имени Никита (через народное произношение Микита). В белорусском и украинском языках форма «Микита» распространена, и от неё легко могла образоваться фамилия с литовским окончанием. Другая, менее очевидная версия — связь с литовским глаголом mikti («учиться», «набираться опыта») или miklus («ловкий», «проворный»), тогда прозвище могло относиться к сметливому человеку.

Встречается фамилия в основном в Литве и среди литовской диаспоры. В России она крайне редка, единичные носители могут быть потомками литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, или результатом русификации литовской фамилии без изменения окончания. Социальный состав предков — скорее всего, крестьяне или мелкие ремесленники, так как литовские фамилии на -ис в массе своей именно народные, не дворянские.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, но в литовском можно встретить варианты Микшис, Мицкевичус — все они образованы от той же основы Мик- с разными суффиксами. Написание Микситис — калька с литовского Miksičius или Miksičius, где -čius в русской передаче превратилось в -тис.