Фамилия Милюнайте звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. Перед нами яркий пример литовской фамилии с характерным женским суффиксом. В Литве фамилии мужчин и женщин различаются: мужские обычно оканчиваются на -ас, -ис, -ус, а женские — на -айте, -уте, -ите. Форма Милюнайте — это фамилия незамужней женщины или девушки, образованная от мужской основы Милюнас (Milūnas).

Корень фамилии восходит к литовскому слову milas, что означает «домотканое сукно», «сермяга». В старину так называли грубое, некрашеное крестьянское полотно. Соответственно, Милюнас — это прозвище человека, который занимался изготовлением или продажей такого сукна, либо, по другой версии, того, кто постоянно ходил в одежде из этого материала. В русском языке есть похожая фамилия Милюков, но её происхождение другое: она от канонического имени Емилиан.

Поскольку фамилия Милюнайте — женская и литовская, носительница почти наверняка происходит из Литвы или из исторических регионов с литовским населением (Жемайтия, Аукштайтия). В России фамилия встречается редко, в основном у потомков литовцев или в семьях, где один из родителей литовец. В современной Литве мужской вариант Милюнас нередок, а женский — Милюнайте — распространён примерно так же, как в России фамилии на -ова.

Сословной принадлежности у такой фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и горожане. Суффикс -айт- указывает на дочь или жену, но в данном случае это именно девичья форма. Если женщина выходит замуж, её фамилия изменится на Милюнене. Так что Милюнайте — это фамилия, которая говорит не только о ремесле предка, но и о семейном положении своей первой обладательницы.