Фамилия Мипеева — редкий случай, когда основа слова ставит исследователя в тупик. В русских фамилиях на -еев (как и на -еев) обычно скрывается отчество: Мипеев — это «сын Мипея». Но что такое Мипей? В святцах такого имени нет, в древнерусских летописях оно не встречается. Самый простой и правдоподобный ответ: это диалектное или искажённое произношение крестильного имени Мифей — просторечной формы канонического Матфей (от др.-евр. «дар Яхве»). В северных и сибирских говорах звук «ф» нередко заменяли на «п»: Мифей превращался в Мипей. Сын такого Мипея и получал фамилию Мипеев.

Суффикс -еев здесь указывает на принадлежность, а не на географию. В отличие от фамилий на -ский, которые часто давались дворянам по названию имения, Мипеевы — почти наверняка крестьянский или мещанский род. Фамилия могла закрепиться в Поморье, на Урале или в Сибири, где фонетические особенности речи дольше сохранялись в документах. В центральных губерниях ту же основу записали бы как Матфеев или Мафеев.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не исключённая. В некоторых говорах слово «мипей» могло быть прозвищем — возможно, от глагола «мипать» (мигать, щуриться). Если у предка была привычка прищуриваться или он страдал близорукостью, его могли прозвать Мипеем, а потомков — Мипеевыми. Однако эта гипотеза зыбкая: диалектное слово «мипей» не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров.

Написание фамилии с двумя «е» подряд — Мипеева — не ошибка, а норма для отчеств на -ей. Сравните: Андреев (от Андрей), Тимофеев (от Тимофей). Ударение в фамилии Мипеева, скорее всего, падает на второй слог — Мипеева, хотя в разных семьях традиция произношения могла сместиться на первый. Фамилия настолько редкая, что в современных телефонных справочниках её носители исчисляются единицами, и почти все они, судя по косвенным данным, живут в Сибири и на Дальнем Востоке.