Фамилия Мирджафаров — яркий пример тюрко-персидского именования, где соединились два элемента: почетный титул «мир» и арабское имя Джафар. «Мир» (от арабского «амир» — повелитель, князь) в мусульманских культурах часто добавляли к именам потомков пророка или просто знатных людей, а Джафар переводится как «ручей», «источник» — так звали одного из сподвижников пророка Мухаммеда. Таким образом, основа фамилии означает «господин Джафар» или «князь Джафар».

Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий, русифицированных в XIX–XX веках: к основе на согласную прибавили русский патронимический суффикс -ов. В исходной тюркской форме фамилия могла звучать как Мирджафаров или Мирджафарлы (с азербайджанским окончанием, указывающим на принадлежность к роду). Суффикс -ов в русской записи превратил личное имя в наследственную фамилию, отвечая на вопрос «чей?» — сын Мирджафара.

Географически фамилия тяготеет к Азербайджану и регионам с тюрко-мусульманским населением (Дагестан, Татарстан, Средняя Азия). Встречается она реже, чем более простые формы вроде Джафаров или Мирзоев, что говорит о конкретном роде, где имя Мирджафар закрепилось как родовое. Предки носителя фамилии, скорее всего, принадлежали к духовенству или местной знати (уважаемые люди, носившие титул «мир»), но не обязательно к высшей аристократии — титул мог быть наследственным или почетным прозвищем.

Важно различать Мирджафарова и фамилию Мирджафаров — ударение в русском языке обычно падает на последний слог: Мирджафаро́в. Встречаются варианты написания с одной «р» (Мирджафаров) и с двойной (Мирджаффаров), но первый вариант исторически точнее, так как имя Джафар в тюркских языках пишется с одной «ф».

Спорных версий происхождения практически нет — корень прозрачен. Единственное, что может сбить с толку, это попытка связать фамилию с персидским словом «мир» (мир, вселенная). Но в данном контексте «мир» — именно титул, а не космос, иначе фамилия звучала бы как Мирджафаров (от «мир» — мир + Джафар), что маловероятно.