Фамилия Мишечек — редкий пример фамилии, образованной от уменьшительно-ласкательной формы имени с помощью суффикса, который в русской ономастике почти не встречается. В основе лежит имя Михаил, точнее его западнославянская или южнославянская уменьшительная форма Мишек (Míšek, Mišek). Суффикс -ек в славянских языках — типичный уменьшительный, аналог русского -ик (Мишик). Таким образом, Мишечек — это двойное уменьшение: сначала от Михаила к Мишеку, а потом к Мишечку, то есть «маленький Миша».

Сама модель с суффиксом -ек нехарактерна для великорусских фамилий. В России фамилии на -ек встречаются редко и часто указывают на польское, чешское, словацкое или украинское происхождение. В польском языке фамилия Mieszek (Мешек) или Miszek (Мишек) фиксируется с XVI века. Вариант Мишечек мог возникнуть в западнорусских землях (современные Беларусь, Украина) или в среде переселенцев из Чехии и Словакии, где суффикс -ечек (Míšeček) — обычное ласкательное образование.

Вероятнее всего, фамилия произошла от прозвища или внутрисемейного имени. В крестьянской среде до введения обязательных фамилий человека могли называть Мишечек — «маленький Миша», «Мишутка». Такое имя могло закрепиться за младшим сыном или за человеком невысокого роста. Позже, при оформлении фамилий, это прозвище перешло в наследственное именование.

Фамилия Мишечек не входит в число распространённых. В современных российских базах она встречается единично, чаще всего на западе страны — в Псковской, Смоленской областях, а также в Беларуси. Это подтверждает версию о её западнославянских корнях. В Чехии фамилия Míšeček существует до сих пор, хотя и редка.

По сословной принадлежности предки Мишечек скорее всего были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Спорных версий происхождения практически нет: все лингвисты сходятся на том, что корень — имя Михаил, а разница лишь в том, через какой язык пришла уменьшительная форма.