Фамилия Мишигус — редкая и необычная по звучанию для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями, а уходит в тюркские или кавказские языки. В основе лежит прозвище или имя, которое можно разобрать на две части: «миши» и «гус». Первая часть восходит к тюркскому «миш» — «кошка» или к татарскому имени Миша, которое является вариантом русского Михаил. Вторая часть, «гус», скорее всего, означает «птица» (гусь) в тюркских языках, либо является искажённым «куш» (птица) или «гюс» (сила, мощь) в некоторых диалектах. Таким образом, фамилия могла означать «кошачий гусь» (как прозвище человека с необычной внешностью или повадками), либо «Мишин гусь» — прозвище, данное по хозяину или месту.

Словообразовательная модель здесь нетипична для русских фамилий: суффикс -ус встречается редко и чаще всего в фамилиях польского или украинского происхождения (например, Янус, Бондарчук). Однако в случае Мишигус это не суффикс, а часть корня. Фамилия могла быть записана при переписи населения в XIX веке со слуха, когда носитель тюркского прозвища «Мишигуш» или «Мишикуш» получил русское окончание -ов или -ев, но в документах закрепилась форма без него, как это бывало с инородческими фамилиями в Поволжье или на Северном Кавказе.

Географически фамилия Мишигус встречается крайне редко, и её следы можно найти в южных регионах России — в Краснодарском крае, Ростовской области или в Крыму, где исторически жили ногайцы, крымские татары или адыги. Возможно, предки носителя фамилии были скотоводами или охотниками, и прозвище закрепилось за родом из-за какого-то яркого случая: например, человека, который ловил гусей руками, прозвали «кошачий гусь». В любом случае, это не дворянская и не крестьянская фамилия в привычном русском понимании — скорее, поздняя запись прозвища, которое несёт в себе отголосок степной или горской культуры.

Если сравнивать с однокоренными, то в русской ономастике есть фамилии Мишин, Гусев, но Мишигус стоит особняком. Единственный близкий аналог по структуре — фамилия Мишикус, которая встречается у литовцев (с литовским суффиксом -ус), но там основа другая. Для фамилии Мишигус наиболее правдоподобна тюркская версия, так как сочетание «ши» и «гус» типично для тюркской фонетики, а не для балтийской.